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Aitor Zárate llegó al Caja San Fernando tras duras negociaciones y con la complicación de que el jugador tenía que pedir permiso de traslado, pues se encontraba cursando el servicio militar en Vitoria. Finalmente, se rubricó la firma en el contrato y el jugador llegó procedente del Caja de Álava. El Linarense Garrido opinaba de él a su llegada: "tiene muchísima técnica y visión de juego, es un refuerzo ideal para el equipo"

Zárate juega como escolta y empieza tan irregular como el equipo. Comienza anotando poco pero, poco a poco, empieza a mejorar sus prestaciones hasta que en la jornada 10, debido a los contratiempos en el puesto de base tiene que tomar el timón del equipo.

Dos jornadas después no jugaría ante Tenerife Sur debido a que al estar cursando el servicio militar es seleccionado para disputar en Bruselas el Torneo de la OTAN que le tendría apartado del equipo cuatro partidos. Tras su regreso y anotar 12 puntos ante Oviedo tiene una pequeña lesión que le hace jugar poco ante Juver y perderse la jornada 14. Ya en la jornada 15 volvería a coger las riendas del equipo desde el puesto de base por la lesión de "Manu" Rodríguez y ya jugaría de base hasta final de temporada, pues poco después se lesionaría de gravedad Fernando Román.

Desde entonces juega de base, posición donde no quería ponerlo Pesquera pero si él, y, a pesar de sus problemas defensivos, se convierte en uno de los filones del equipo alcanzando o estando cerca de los dobles dígitos en anotación. En la última jornada de regular, ante Torrejón, alcanza los 30 puntos, su tope de la temporada.

En los playoffs se convierte en un buen complemento para Jeelani y Javier García, destacando en los dos primeros partidos ante Lagisa con 14 y 18 puntos, a pesar del mal encuentro final. Ante Syrius, de nuevo destacado con 21, 11 y 11, a pesar de no estar acertado en la dirección, pero sí de cara a canasta.

Al finalizar la campaña y tras promediar casi 7,3 puntos regresa a Cajabilbao, finalizando su relación contractual con el Caja San Fernando tras hacer una meritoria campaña siendo sustituido por Chinche Lafuente, con el que intercambiaría camino.