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Juan Alberto Aguilar se inscribió en las categorías inferiores del Caja a la edad de 11 años. Hijo del consejero y actual presidente de la entidad, José Aguilar. Pasó por todas las etapas de formación del club: Infantil 2000-2002, Cadete 2002-2004, Junior 2004-2006 hasta llegar al primer filial del Caja en LEB 2 y LEB Plata. Llega a disputar el Mundial Sub19 con la selección española.

En la temporada 2008-2009 realiza la pretemporada con el primer equipo y en la jornada 12 debuta disputando dos minutos ante el FC Barcelona, siendo titular. Disputaría tres partidos más (jornada 18, 32 y 34). Además forma parte de la plantilla inscrita en la Eurochallenge, disputando cuatro partidos ante Energa Czarni, BK Ventspils, Lokomotiv Rostov y Ural Great.

La siguiente temporada sería cedido al Obradoiro CAB, lo que supondría su primera experiencia completa en ACB, disputando un total de 25 partidos aunque no llega a los 200 minutos.

En la temporada 2010-2011 el club lo vuelve a ceder al CB Tarragona de LEB Oro donde disputa la totalidad de la competición acabando con 7,9 puntos y 4,6 asistencias por choque. Al finalizar la LEB Oro regresa a Cajasol para disputar los últimos encuentros de la competición, jugando cinco partidos (unos 10 minutos por choque) aunque no con demasiado acierto.

Finalmente en la temporada 2011-2012 se desvincula del club y pasa al Autocid Ford Burgos, equipo de LEB Oro hasta que se retiró a los 26 años tras tres temporadas en la capital burgalesa. Sus deficiencias en el aspecto físico y en el tiro exterior lo lastraron de cara a poder mantenerse en ACB.