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Cuando Javier García llegó al Caja San Fernando, equipo recién fundado, ni él mismo se creería que cuatro años después cuando lo abandonó sería el jugador con más partidos con la elástica cajista hasta esa fecha. 135 choques oficiales durante cuatro temporadas y acabando como el capitán del equipo sería el balance de este madrileño que llegaría procedente del Caja de Ronda.

Leo Chaves lo definió como "el jugador más regular de la temporada" y es que en su temporada debut en Sevilla, en la 1987-1988, fue uno de los mejores del equipo. De hecho, acabó siendo el segundo jugador con más minutos en cancha por delante de todo un americano como Mark Crow. Pudo ser debido a su gran rendimiento, tanto en un lado de la cancha como en el otro, y que tuvo que ocupar esporádicamente la posición de base debido a la lesión de Velasco. Alcanzó unas medias de casi 17 puntos en 37 minutos de juego en los 41 partidos que disputó en la Primera 'B' llegando a anotar 30 puntos en la jornada 2 (Askatuak) y rozando la treintena en varias ocasiones (27 ante Tradehi, 29 ante Breogán o 26 a Salesianos, Santa Coloma y Mayoral en el último partido del año).

Javier García se salvó de la renovación casi total que sufrió el equipo de cara a la 1988-1989. El club, junto a Pesquera, estaban contentos con el rendimiento que había ofrecido y no sólo se le mantuvo, sino que se le designó capitán del equipo. Tras un inicio dubitativo y perderse el partido ante CajaMadrid por una lesión en la mano momentos previos al encuentro, empieza a progresar y estalla en la jornada 17 tras buenos partidos. En la victoria cajista en Murcia, Javier García se vistió de americano para anotar la friolera de 38 puntos, una anotación a la que le seguirían varias por encima de los veinte puntos, incluyendo los 28 puntos endosados a Andorra y Gijón. Las molestias en un pie condicionan su rendimiento en el tramo final de la liga regular y afecta a todo el equipo, además se convierte en el hombre a marcar por los rivales merced a su facilidad para anotar. Con el Caja en PlayOffs, Javier García encadena un buen primer encuentro, pero baja un poco su rendimiento, debido al peso anotador de Jeelani y Zárate y las interminables molestias. Descargado de la misión de dirigir, que recayó en Zárate tras las lesiones de Román y Manu Rodríguez, García volvió a ser el más regular de un equipo que lograba el ascenso. Casi 15,75 puntos en 32 minutos en 35 partidos.

Con el ascenso logrado, el Caja renueva al madrileño, que había sido un bastión ofensivo la temporada anterior. El madrileño, que venía mejorando año a año su tiro exterior, se convierte en el tirador del equipo en la 1989-1990, siendo una pesadilla para las defensas de la máxima competición nacional. Prueba de ello son sus 22 puntos en Gran Canaria, los 30 al Forum Valladolid de Sabonis incluyendo un triple (de ocho anotados en total) sobre la bocina para forzar la prórroga y los 26 a Mayoral con seis triples sin fallo. Sin embargo, el calvario de molestias en la espalda empieza a mermar su rendimiento hasta que después del choque ante Pamesa, donde juega sólo 12 minutos y no anota, se opera de la hernia de disco que venía arrastrando y se pierde el resto del año, siendo sustituido por Raúl Pérez en el primer equipo. Sólo 18 partidos de Liga ACB y cuatro de Copa. En esos 18 partidos de ACB 12,8 puntos en 29 minutos con un 40% en triples son su balance de la temporada.

En la 1990-1991 y tras un largo proceso de recuperación, Javier García continúa en la disciplina cajista a pesar de las dudas despertadas por los rumores que lo situaban fuera del club, y es que a Pesquera no le convencía su continuidad con ese estado de salud. Sigue ejerciendo como capitán del equipo. Sin embargo, la llegada de Toñin Llorente para acompañar a Lafuente en la dirección y el fichaje de Quino Salvo junto a la aparición en plantilla de los jóvenes Doblado y Raúl Pérez dificultan sus minutos en el equipo. Para colmo no comienza la temporada en buena forma debido a la larga recuperación a la que la lesión le obliga. Pesquera lo relega a un papel secundario y, aunque cumple en algunos partidos (17 puntos, 5/5 triples ante CajaCanarias, 15 puntos ante Joventut), no juega demasiados minutos y, a pesar de que en los dos últimos choques de regular vuelve a gozar de protagonismo, finalmente, Pesquera lo vuelve a relegar en PlayOffs. Al final, disputa 37 partidos oficiales (31 de de 38 en ACB y 6 en Copa), promediando en liga 5,7 puntos en 14 minutos, repitiendo su 40% en triples.

Debido a sus problemas de espalda, Javier García medita tras su cuarta temporada en Sevilla si abandona la práctica profesional o continúa un año más, ya sea en Sevilla o en otro conjunto. Finalmente, con la contratación de Montes y la renovación de Salvo, el Caja no renueva a García que abandona la disciplina cajista, marchando a Villalba, donde sólo jugaría un año para posteriormente retirarse. Sin duda, el primer gran capitán del equipo cuya lesión de espalda condición su desembarco en la élite nacional.